税务师资格证的入档流程如下：

登录中税协信息服务平台

在申领职业证书的同时可以选择加入协会，在申领系统中选择“一键入会”。

取得职业资格证书电子证书（或纸质证书）后，需到各地注册税务师协会现场办理《个人会员证》。

填报入会信息

登录中税协信息服务平台，填报入会信息。在税务师事务所工作的，还需所在事务所审核确认提交或所在事务所代为申请入会，由本人确认提交信息。

提交相关资料

填报信息后，提交以下资料至各地税协办理相关手续：

《中国注册税务师协会个人会员入会申请表》一式一份（在税务师事务所工作的需要加盖公章）。

《税务师职业资格证书》原件及复印件、毕业证书原件及复印件、身份证原件及复印件。

近期两寸彩色免冠证件照2张等相关资料。

审核与入会

待税协审核确认后，系统将自动赋予个人会员号，并发放《个人会员证》。

查询与变更

税务师可登录中税协信息服务平台，查询本人基本信息及提请变更事项，并参加中税协网校继续教育。

建议在申领税务师资格证后，及时登录中税协信息服务平台进行入会操作，并妥善保管好所有提交的资料和证件，以便后续查询和变更使用。