南京航空航天大学的专业设置如下：

学术型硕士

080800 电气工程（学硕）

专业型硕士

085801 电气工程（专硕）

082500 航空宇航科学与技术

082600 交通运输

080100 控制科学与工程

080200 计算机科学与技术

083500 软件工程

082100 管理科学与工程

083100 工商管理

030100 法学

050200 英语语言文学