牡丹江师范学院设有6个二级学院、10个系，1个国际教育学院、1个继续教育学院，1个大学外语教学部，1个思想政治理论教研部。

共计20个教学单位，有48个本科专业，其中教师教育专业18个，非教师教育专业30个，涵盖9个学科门类。有1个国家级特色专业，4个省级重点专业，4个一级学科硕士学位授权点，17个二级学科硕士学位授权点，1个省级重点学科，1个省级重点实验室，2个省级实验教学示范中心，一个省级人才培养模式创新实验区，14门省级精品课程。最好当属中文、数学、物理、生物、政法