南通大学是普通一本高校。

南京大学是双一流大学。

2017年，南京大学入学a类世界一流大学建设高校名单，15个学科入选世界一流学科建设名单。

1999年，南京大学进入国家“985”工程首批重点建设的高水平大学行列，是教育部直属的重点综合性大学。

1994年，南京大学被确定为国家“211”工程重点支持的大学。所以从办学层次上说，南京大学比南通大学高很多。

不是一个档次的，而且不是一个地方的一个在南京一个在南通。。

南通大学是市级学校，而南京大学是省级学校