强基计划不仅聚焦拔尖人才的选拔，更注重人才的培养。按照一校一策的原则，高校对通过强基计划录取的学生单独制定培养方案，单独编班，配备一流的师资和学习条件，实行导师制、小班化等培养模式，探索本-硕-博衔接培养模式。以上培养模式对考生来讲都是特别大的福利。

清华大学采用书院制，设立致理书院、未央书院、探微书院、行健书院、日新书院五大书院作为强基计划人才培养单位。

北京大学采用3+X贯通式培养，强基计划本科生将根据学校整体部署在大三结束后申请提前进入衔接研究生的学习阶段，完成本研过渡，为攻读相关专业的硕士研究生或直博生打好基础。