申请日本留学签证的保障措施主要包括以下几个方面：

留学保证金证明

留学申请者需要提供存款证明书作为担保金证明文件，以证明自己拥有足够的经济能力承担未来留学期间的学费和生活费。

保证金通常需要冻结，冻结时间一般为3-6个月。

存款证明应来自大银行，并且资金来源应合理，避免一次性存入大量资金或临时性、密集性的入账。

如果存款在多个银行，建议将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明，并保留相关银行单据以解释资金来源。

资金存款证明

对于中国留学生，日本入管局对资金证明的要求有所放宽，很多情况下不再需要提交资金的形成过程即流水，只需提交20万的资金存款证明即可。

开具证明的银行最好是大银行，以免不被认可。

存款证明在申请“在留资格认定证明书”和申请签证时都要被参考，伪造的存款证明可能导致拒签。

留学理由书

留学理由书是日本入国管理局了解学生赴日留学动机的主要途径，因此其撰写非常重要。

申请人需要阐述自身留学动机，做到合情合理，以增加签证申请的成功率。

语言能力

日本留学签证申请的一大重点是日语能力，申请人需要具备初级的日语才能，最好先参加E.F级考试，并至少要获得F级。

签证官可能会用日语问申请人一些关于日本文化、学习方面的基本问题，申请人需要能够应付基本的日语日常会话。

担保人

担保人可以是申请者本人、申请者的家属或亲戚，但通常要求是申请者与经费支付者具有一定的血缘关系。

担保人需要具备足够的经济能力支付留学期间的所有费用，并且有稳定的收入来源以证明留学期间的生活费用得到保障。

其他申请材料

申请人需要准备充足的申请材料，包括个人简历、学历证书、语言成绩证明、护照照片等。

申请材料的完整与准确直接关系到签证的审批速度和成功率，任何虚假材料都可能导致申请被拒。

健康和无犯罪记录

申请人需要具备良好的出国记录和犯罪记录，这也是签证申请的重要保障之一。

综上所述，申请日本留学签证需要从多个方面进行准备，包括经济能力证明、语言能力、留学动机、担保人条件以及其他相关材料的准备。建议申请人提前与学校或相关机构确认所需材料清单，并逐一准备，以确保签证申请的顺利进行。