南京莫愁中等专业学校的学费根据不同的专业和学习阶段有所不同。以下是部分专业的学费信息：

中级工班 ：前三年免学费。

高级工班 ：后两年学费为4700-6800元不等。

技师班 ：后两年学费为4700-6300元不等。

5年制大专 ：每年学费不低于2400元，住宿费每学期400元。

建议直接咨询学校或访问其官方网站获取最新信息，以确认最新的学费标准。