内设机构有：

办公室

法规处

监测科技处

环评处

水处

大气处

内设机构有：

办公室

规划处

法规处

监测科技处

总量处

环评处

水处

大气处

生态处

核应急处

辐射处

宣教处

人事处

环监局

党办

监察室

直属机构有：

监测中心

辐射中心

环保学校

服务中心

废管中心

宣教中心

信息中心

技术中心

环科院