安徽省湖泊星罗棋布，总数达500个以上，其中万亩以上的湖泊就有30多个，主要分布在长江和淮河沿岸。

较大的有巢湖、龙感湖、南漪湖。其中巢湖面积800平方千米，为中国五大淡水湖之一。淮河沿河多湖泊，北岸主要有天井湖、沱湖；南岸主要有城西湖、城东湖、瓦埠湖、高塘湖、女山湖、花园湖、升金湖、奎湖、石臼湖、镜湖、巢湖、董铺水库、焦岗湖。