南通市海关主任是正处级别。

南通海关是受南京海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，领导隶属海关办事处。

南通市是地区级别的市，属于厅级 那么南通市海关主任按正常配置是处级机构 ，这个单位的主任就是正处级别，副主任是副处级别。