根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定：纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：

（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的；

（二）依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的；

（三）擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的；

（四）虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的；

（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；

（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。

税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。

所以，企业如果存在上述情况，主管税务机关可以采取核定征收的方式征收企业的税款。另外，主管税务机关可以参照《个体工商户税收定期定额征收管理办法》（国家税务总局令第16号）中的规定进行核定。