财务报表分析的局限性主要表现在以下几个方面：

1. 历史性：财务报表主要反映的是企业过去的经营情况，而不是未来的发展趋势。因此，财务报表分析只能提供历史数据，不能预测未来。

2. 定性因素的忽视：财务报表分析主要依赖于定量数据，而对定性因素如企业的管理水平、企业文化、市场竞争状况等往往忽视，这些因素对企业的发展有着重要影响。

3. 会计政策和会计估计的影响：企业在编制财务报表时，会根据不同的会计政策和会计估计方法，导致财务报表的数据存在差异，这对财务报表分析造成了困扰。

4. 报表突出的是整体性，忽视了部分性：财务报表分析主要是对企业整体经营情况的分析，对企业的各个部门、各个产品线的分析不够详细，不能全面反映企业的经营情况。

5. 财务报表数据可能存在操纵：企业为了达到某些目的，可能会通过一些手段操纵财务报表数据，这对财务报表分析的准确性构成了威胁。

为了克服财务报表分析的局限性，现在有许多新的分析工具和方法被提出，如平衡记分卡、经济价值增加等。平衡记分卡不仅考虑财务指标，还考虑了客户、内部流程、学习和成长等非财务指标，使得企业的评价更加全面。经济价值增加则是一种衡量企业是否创造了财富的方法，它考虑了企业的全部成本，包括资本成本，使得企业的评价更加准确。