小规模纳税人在开具增值税专用发票时，需要支付的附加税是 3%的增值税税额。附加税通常是基于增值税的税额计算的，具体包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加。

具体计算方式如下：

增值税税额：

3%的税率。

附加税：

增值税税额乘以12%。

例如，如果公司售出1000元的商品，开具1000元的专用发票，应纳税款为30元（增值税3%），附加税为30元（3%），总共向税务机关缴纳税款为60元。

建议在实际操作中，根据最新的税收政策和规定进行计算，以确保准确无误。