土地增值税清算的收费标准如下：

1000万元以下（含1000万元）：2‰

1000万元以上至1亿元（含1亿元）：2‰

1亿元以上至5亿元以下（含）：0.6‰

5亿元以上：0.3‰

请注意，这些费用是基于开发成本总额计算的，并且采用差额定率累进分段计算的方式。