工程设计费用的增值税税率为 6%，这一税率适用于一般纳税人。小规模纳税人则适用3%的征收率。

需要注意的是，如果设计费用于不动产在建工程，其进项税额不得从销项税额中抵扣，并且收取工程管理费时应开具营业税发票。此外，营改增政策实施后，设计费作为文化创意服务的一部分，适用6%的增值税税率。

综上所述，工程设计费用的税率根据纳税人种类不同分别为6%和3%。建议在实际业务中，根据最新的税务政策和企业类型确认具体税率。