根据您提供的信息，您的企业在2季度末提取的所得税额为50000元，并在3季度初期缴纳了这笔税款。然而，由于成本费用过高，到12月底企业的应纳税所得额累计为30000元，因此实际需要缴纳的企业所得税仅为7500元。这意味着您的企业多交了企业所得税42500元。

您提到已经咨询过税务，得知可以走退税程序，但实际操作起来可能会比较麻烦，特别是如果退税金额不是非常大，或者企业在下一年度不再运营，税务机关可能更倾向于采取抵税的方式处理。