万元版发票的最高开票金额（不含税金额）应为99999.99元。根据不同的税率，含税金额会有所不同。例如，如果适用税率为17%，则含税金额最高可为：

99999.99元 × （1 + 17%） = 99999.99元 × 1.17 = 116999.99元

所以，对于万元版增值税专用发票，理论上最多可以开具的含税金额取决于适用税率，最高不超过116999.99元