补偿收入的个人所得税计算遵循以下规则：

1. 如果补偿收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，则免征个人所得税。

2. 超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表计算纳税。

3. 综合所得税率表适用的税率是百分之三至百分之四十五的超额累进税率。

4. 对于超过部分的一次性补偿收入，如果其数额在25万至24万之间，例如1万元，应按照综合所得税率表计算纳税，即税率为3%，速算扣除数为0。

因此，补偿收入超过免税额度的部分，需要根据实际数额和当地上年职工平均工资的3倍数额，使用超额累进税率计算个人所得税。