南京同仁堂的生产基地在安徽亳州（中国药都之首），主要的中药材原料以及加工商都在亳州。中国中药材交易中心在亳州，其是全球规模最大的中药材专业市场，集散中心，以及价格行成中心。

南京同仁堂生产基地位于亳州市谯城区中国中药材交易中心，哪里汇集了全国各地的中药材原料和专业的中药制药公司，所以同仁堂为了保证药材的可靠和制作工艺，选择了安徽亳州作为生产基地。

因为南京同仁堂的生产基地在安徽