莆田三中的初中部的教学质量还可以，排在莆田城区的中等偏下的水平；莆田城区初中第一梯队为擢英中学、中山中学、哲理中学、南门中学等，第二梯队有砺青中学、砺成中学、文献中学、霞林中学、莆田三中等，莆田三中的优势是公立初中，地处莆田城区的繁华地带，周围学府林立，学校的学习氛围良好，所以总体来说还是不错的。

莆田三中和九中都是福建省二级达标院校，莆田三中只收城厢区应届毕业生，九中只收荔城区应届毕业生，两所都是区内二级达标校的首选，每年三中的录取分数线都比九中高20分左右，但是九中的校区环境要好很多，综合以上，所以三中要好一些。