根据国家税务总局公告2017年第40号第七条第一项规定，企业取得的政府补助，如果会计处理上直接冲减研发费用的，并且税务上没有确认为收入，那么允许按照冲减后的余额计算加计扣除金额。

由于贵司在取得研发项目的政府补助时没有确认收入，冲减了研发费用。因此，允许按照冲减研发费用以后的金额计算加计扣除。

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相关规定：

《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）

七、其他事项

（一）企业取得的政府补助，会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。

八、执行时间和适用对象

本公告适用于2017年度及以后年度汇算清缴