根据《企业会计准则应用指南》附录《会计科目和主要账务处理》2711专项应付款规定，该科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项。企业收到或应收的资本性拨款，借记银行存款等科目，贷记本科目。将专项或特定用途的拨款用于工程项目，借记在建工程等科目，贷记银行存款、应付职工薪酬等科目。工程项目完工形成长期资产的部分，借记本科目，贷记资本公积--资本溢价科目；对未形成长期资产需要核销的部分，借记本科目，贷记在建工程等科目；拨款结余需要返还的，借记本科目，贷记银行存款科目。

而根据《企业会计准则第16号-政府补助》第二条规定，政府补助，是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产。

综上，专项应付款主要核算政府拨入资金属于所有者投入的资本，而政府补助则主要核算政府无偿给予的资产。