公司自用的一辆车抵工程款，还另外又付了一笔工程款，怎么做账务？

根据描述理解，贵司上述行为“自用车辆抵货款”需要视同先处置再抵货款处理，相应需要计缴增值税，账务处理建议如下：

借：固定资产清理

累计折旧

固定资产减值准备

贷：固定资产

借：应付账款

资产处置收益（差额部分）

贷：固定资产清理

应交税费-应交增值税（销项税额）

银行存款