事业单位取得收入应当办理税务登记，收到个税手续费返还后要缴纳增值税。

根据国家税务总局 12366 纳税服务平台 2017 年 01 月 17 日答疑，是按照目前营改增政策相关规定，纳税人代扣代缴个人所得税取得的手续费收入应属于增值税征税范围，应缴纳增值税。根据国税发[2006]37 号文的规定，除国家机关、个人(自然人)和无固定生产、经营场所的流动性农村小商贩外，纳税人都应当申报办理税务登记。国家机关所属事业单位有经营行为、取得应税收入、财产、所得的，也应当办理税务登记。

需提醒的是，如果登记为小规模纳税人，则可以享受小规模纳税人增值税税收优惠的政策。