根据财税[2016]36号文附件4的规定，国际运输服务增值税税率为零。

而国际运输服务是指：

1.在境内载运旅客或者货物出境。

2.在境外载运旅客或者货物入境。

3.在境外载运旅客或者货物。

在我国的保税区之间的货物运输，境内承运企业并没有将境内的货物运出境，故不属于国际货物运输，而是在我国境内提供的运输服务，应当按照适用税率开具9%的发票。

《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）

中华人民共和国境内（

（一）国际运输服务。

国际运输服务，是指：

1.在境内载运旅客或者货物出境。

2.在境外载运旅客或者货物入境。

3.在境外载运旅客或者货物。