两个学校都比较好，各有千秋，但南京医科大学比上海医学院要好，首先南京医科大学是211工程重点院校，是江苏省建设的重点大学，本校的临床医学是本校的特色专业，也是王牌专业，上海医学院地处上海地理位置优越，发展空间大，所以说两个学校都是很好的

上海医科大学是国内久负盛名的医科大学，应该在南医大之上。