在选择监理工程师的两个专业时，可以从以下几个方面进行考虑：

市场需求和就业前景

建筑工程：随着城市化进程的加快，建筑工程项目不断增加，对土建监理工程师的需求也在不断上升。建筑工程专业方向市场需求大，就业前景好。

市政公用工程：这个专业也具有较大的市场需求，涉及城市基础设施建设和维护，就业机会丰富。

交通运输工程：包括公路工程和水运工程两个方向，随着交通基础设施建设的增加，对于监理工程师的需求也在增加。这个专业方向技术含量高，项目周期长，有助于积累丰富的项目管理经验。

个人兴趣和职业规划

建筑工程：如果你对建筑工程有较深的兴趣并且愿意从事与之相关的工作，选择建筑工程专业方向是个不错的选择。

交通运输工程：如果你对交通运输领域感兴趣，并且希望从事与之相关的工作，选择交通运输工程专业方向是一个不错的选择。

考试难度和职业发展空间

土建专业：考试内容相对基础且广泛，难度适中，适合初次参加监理工程师考试的考生。职业发展空间大，可以通过积累经验逐步晋升为项目经理、总监等高级职位。

交通专业：技术要求较高，涉及的专业知识较为复杂，能够提升个人的专业技能和技术水平。项目周期长，稳定性高，有助于积累丰富的项目管理经验。

注册和专业方向

在监理工程师考试中没有专业方面的划分，但是考生在对证书进行注册的时候会有专业选择。根据《工程监理企业资质管理规定》，有14个工程类别可供选择，包括房屋建筑工程、公路工程、港口与航道工程等。

建议

如果你对建筑工程和市政公用工程有较深的兴趣，并且希望在这些领域发展，可以选择这两个专业方向。

如果你对交通运输工程领域感兴趣，并且希望从事与之相关的工作，可以选择交通运输工程方向，进一步细分为公路工程和水运工程两个专业类别。

如果你希望选择一个相对容易上手且市场需求大的专业，可以选择土建专业。

综合考虑以上因素，可以根据自己的兴趣、职业规划以及市场需求来选择适合自己的监理工程师专业方向。